Na zob najprej namestimo zaščitno gumijasto opno, ki zagotavlja delo v suhem okolju, prepreči vdor sline v delovno polje in zdrs instrumenta v prebavno ali dihalno pot. S posebnimi instrumenti pod povečavo z mikroskopom poiščemo koreninske kanale. Morfologija kanalov je zapletena, zato je diagnosticiranje vseh koreninskih kanalov v zobu ključno za uspešno endodontsko zdravljenje. Število koreninskih kanalov pogosto ni enako številu korenin. Iz koreninskih kanalov najprej odstranimo z bakterijami okuženo vnetno spremenjeno zobno pulpo. Sledi mehanska priprava koreninskih kanalov, pri čemer jih z ročnimi in strojnimi instrumenti obdelamo. Primeren volumen kanalov omogoča, da jih s sredstvi za dezinfekcijo temeljito očistimo vse do konca. Pri tem uporabljamo sodobno tehnologijo in tehniko, ki tudi zagotavljata uspešnost endodontskega zdravljenja. Največkrat nato vstavimo medikamentozno pasto, ki pripomore k še boljši dezinfekciji koreninskih kanalov. Ob naslednjem obisku najprej medikamentozno pasto odstranimo in nato koreninske kanale z bioaktivnimi materiali hermetično zatesnimo. Tako preprečimo ponoven vdor bakterij v prostor, kjer je bila prej zobna pulpa. Natančnost in ustreznost polnitve takoj preverimo z rentgenskim slikanjem. Predlagamo, da najkasneje v dveh tednih po končanem endodontskem zdravljenju obiščete svojega zobozdravnika, ki bo endodontsko zdravljeni zob ustrezno oskrbel s plombo, overlejem ali prevleko. Tesna zapora kronskega dela zoba je zelo pomembna za dolgoročno uspešnost endodontskega zdravljenja.