Običajno CBCT za endodontsko zdravljenje ne potrebujete. Če pa bomo ocenili, da bi z dodatnim tridimenzionalnim prikazom segmenta lahko razjasnili določene klinične situacije, ugotovili kompleksno morfologijo koreninskih kanalov in prepoznali predhodne zaplete endodontskega zdravljenja, vas bomo sami napotili na ustrezno preiskavo. Za endodontsko zdravljenje naj CBCT zajame le posamezen segment velikosti 4–5 cm, ki mora imeti zelo dobro ločljivost. Odmerek sevanja, ki ga ob tem prejmete, je enak kot pri ortopantomogramskem slikanju. Pacienti pogosto pridejo na prvi pregled s CBCT, ki zajema obe čeljusti. Taka preiskava je za endodontsko zdravljenje popolnoma neustrezna in nepotrebna, ker je prejeti odmerek sevanja zelo velik in enak osmim segmentom. Poleg tega je ločljivost take slike premajhna in nima diagnostičnega učinka.